二十世紀末，在時任國務院總理的朱镕基同志的倡導和推動下，國務院于1998年7月批準成立國家會計學院，當時北京國家會計學院為國務院事業單位，由財政部代管，教學管理依托清華大學。2002年財政部發文將學院更名為“北京國家會計學院”。2012年學院納入財政部所屬事業單位機構編制。

建院以來，北京國家會計學院秉承朱镕基總理題寫“誠信為本，操守為重，堅持準則，不做假賬”的辦學宗旨，為我國宏觀經濟管理部門、大中型企業以及社會中介機構培養了大批會計和審計高級專業人才。經過多年的發展，北京國家會計學院形成了以學位教育、中短期培訓和遠程教育為支柱的教育培訓體系。北京國家會計學院擁有一支精通理論前沿及豐富實務經驗的優秀師資隊伍，在研究生培養過程中明確以提升職業能力為導向的培養目標，突出應用型人才培養特點，注重實踐型、啟發型教學。目前，相當比例的畢業生在大型企業和會計師事務所發揮骨干作用。

北京國家會計學院實行黨委領導下的院長負責制，董事會由財政部、中央組織部、國家發展與改革委員會、國務院國有資產監督管理委員會、商務部、教育部、人社部、中國人民銀行、審計署、國家稅務總局、中國證監會、中國銀監會、國務院臺灣事務辦公室、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、廈門市人民政府、北京市財政局、上海市財政局、廈門市財政局、清華大學、上海財經大學、廈門大學等組成。董事會主席由財政部部長擔任。

北京國家會計學院位于北京順義天竺開發區，總占地面積343畝，建筑面積12萬平方米。其中，一期工程1998年4月開工建設，2001年5月投入使用；二期工程2011年3月開工建設，2016年4月投入使用。北京國家會計學院擁有一流現代化的基礎設施和信息網絡系統，能夠提供多媒體教學及遠程教學，可同時容納1500名培訓學員、400名全日制研究生在校學習。