教育科學學院是內蒙古師范大學的二級學院，其前身是1956年建立的內蒙古師范學院函授教育科，2000年內蒙古教育科學學院并入內蒙古師范大學，組建教育科學學院。2004年，成立了內蒙古自治區中小學教師繼續教育中心，掛靠在內蒙古師范大學，與教育科學學院合署辦公。“中心”是集研究、管理、培訓為一體的職能部門。在教育廳和師范大學雙重領導下，對全區中小學教師、校長培訓工作起著政策研究、業務指導、示范引領的作用。

教育科學學院現有教職工18名，下設辦公室、函授夜大部、培訓部、自學考試科、資料與信息中心5個職能科室，宏觀管理和具體組織、協調、研究全校的成人學歷教育與繼續教育。同時，教育科學學院建立了一支由區內外知名專家學者、特級教師、教研員、一線骨干教師、中小學名校長組成的近500人的繼續教育教師（校長）培訓專家團隊。

教育科學學院承擔過的主要培訓任務有：自治區級中小學骨干教師培訓、全區中小學班主任自治區級培訓、高中教師繼續教育全員培訓、教師教育技術能力培訓者培訓、高中起始年級教師新課程遠程培訓、中小學英語教師暑期培訓、Intel未來教育培訓、蒙古語授課學校專任教師培訓、中小學教師遠程培訓、全區蒙古族高級中學校長培訓、自治區農村牧區寄宿制學校校長國家級示范培訓、蒙語授課中小學校長培訓、內蒙古自治區中小學校長綱要學習遠程培訓、連續七年承擔了內蒙古“教育部—中國移動中西部農村中小學校長培訓項目”等任務。同時，內蒙古師范大學積極與地方教育行政部門合作實施培訓項目，包括鄂爾多斯市中小學專家型教師培訓項目、巴彥淖爾市中小學專家型教師培訓項目、錫林郭勒盟中小學骨干教師培訓項目、烏海市中小學專家型學科帶頭人培訓項目、呼和浩特市新城區中小學骨干教師培訓項目、巴彥淖爾市杭錦后旗骨干教師培訓項目、巴彥淖爾市中小學教師技能提升工程培訓項目、巴彥淖爾市農村中小學校長提高培訓、巴彥淖爾市臨河區中小學校長高級研修班等。

2009年始，內蒙古師范大學通過自治區教育廳的“國培計劃”招投標活動，連續8年成功參與到教育部、財政部中小學、幼兒園教師“國家級培訓計劃”項目中來。2009年承擔了“國培計劃”——中西部地區中小學骨干教師培訓項目內蒙古培訓；2010—2015年承擔了“國培計劃”——內蒙古自治區農村牧區中小學骨干教師培訓項目三個子項目的培訓任務；2011—2016年承擔了“幼兒教師國家級培訓計劃”—— 內蒙古自治區農村牧區幼兒教師培訓項目四個子項目的培訓任務。

2016年，承擔“國培計劃”鄉村中小學校長培訓。

內蒙古師范大學現有成人高等教育本、專科專業20個，開設高等教育自學考試主考本、專科專業8個。60多年來，內蒙古師范大學已培養成人高等教育畢業生8萬余人，培養高等教育自學考試主考專業畢業生6.2萬人，為自治區基礎教育、自治區經濟和社會發展做出了重要貢獻，多次受到國家和自治區的表彰。