煙臺大學于1998年國務院學位委員會第七次學位授權審核獲得碩士單位授予權（碩士點：民商法學和光學），1999年開始招生；2003年獲得專業(yè) 學位碩士研究生培養(yǎng)單位授權（招生專業(yè)：法律碩士）；2005年獲批首批一級學科碩士點：法學和物理學；2012年獲批服務國家特殊需求博士人才項目”重 大新藥新型釋藥系統(tǒng)”。
煙臺大學現(xiàn)有1個“服務國家特殊需求博士人才培養(yǎng)項目”，16個碩士學位授權一級學科， 7個碩士學位授權二級學科，7個碩士專業(yè)學位授權類別（法律、農業(yè)推廣、翻譯、工程、藥學、漢語國際教育、新聞與傳播），涵蓋142個碩士招生專業(yè)（領 域），十大學科門類，基本形成了學科門類齊全、結構和布局合理的研究生教育培養(yǎng)體系。截止目前，煙臺大學共有有博士研究生導師6名，在校外兼職博士生導師10 名，碩士研究生導師 312名；在校全日制博士和碩士研究生1156人、非全日制研究生374人。
近年來，煙臺大學研究生教育創(chuàng)新計劃穩(wěn)步推 進，取得豐碩成果，研究生導師獲評山東省優(yōu)秀研究生指導教師5名，獲山東省研究生教育教學成果獎8項，獲山東省研究生教育創(chuàng)新計劃項目立項54項；設立省、校兩級研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地和教育創(chuàng)新與實踐基地21個；研究生已獲得山東省優(yōu)秀碩士學位論文21篇，山東省研究生優(yōu)秀科技創(chuàng)新成果獎27項;舉辦山東省研 究生學術論壇1屆。