首都醫(yī)科大學(xué)建校之初，學(xué)校采取分批建設(shè)，逐步充實(shí)的方針，逐批建設(shè)了基礎(chǔ)課各教研室和實(shí)驗(yàn)室。1963年2月，學(xué)校制定的《北京第二醫(yī)學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)體制暫行條例》中明確提出“為了加強(qiáng)基礎(chǔ)各學(xué)科的領(lǐng)導(dǎo)，在學(xué)院下設(shè)基礎(chǔ)部”。至1966年基礎(chǔ)部建設(shè)完成。“文革”期間，基礎(chǔ)部建制被撤消?！拔母铩苯Y(jié)束后，根據(jù)教學(xué)需要，于1973年重新建立了醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)部，1979年更名為基礎(chǔ)部。1994年學(xué)校更名為首都醫(yī)科大學(xué)后，為適應(yīng)學(xué)科建設(shè)與發(fā)展的需求，形成資源共享、優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，將所有的學(xué)科進(jìn)行了重新調(diào)整，并于1996年1月23日成立基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院，揭開了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院建設(shè)的新篇章。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院是校本部規(guī)模最大、學(xué)科最全的學(xué)院之一，是集教學(xué)、科研、學(xué)生管理為一體的綜合性學(xué)院，擔(dān)負(fù)著本科生和研究生基礎(chǔ)課程培養(yǎng)的重任?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院設(shè)有神經(jīng)生物學(xué)學(xué)系、人體解剖學(xué)與組織胚胎學(xué)學(xué)系、細(xì)胞生物學(xué)學(xué)系、生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)系、生理學(xué)與病理生理學(xué)學(xué)系、病原生物學(xué)學(xué)系、免疫學(xué)學(xué)系、病理學(xué)學(xué)系、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物學(xué)學(xué)系、藥理學(xué)學(xué)系和醫(yī)學(xué)遺傳與發(fā)育生物學(xué)學(xué)系等11個(gè)學(xué)（科）系，1個(gè)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院擁有生物學(xué)和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)和博士后科研流動(dòng)站，同時(shí)還設(shè)有藥理學(xué)博/碩士培養(yǎng)點(diǎn)。首都醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有教職員工273人，其中教授43名、副教授64名。博士生導(dǎo)師51人(其中兼職8名)、碩士生導(dǎo)師114人(其中兼職9名)。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有在讀博士、碩士研究生319人，本科生1396人?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)著基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程以及醫(yī)學(xué)相關(guān)生物課程的教學(xué)、教改、教材建設(shè)、課程建設(shè)、教學(xué)研究等任務(wù)?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院不斷深化教學(xué)改革，以“抓質(zhì)量、育名師”為教育教學(xué)建設(shè)的主要目標(biāo)，深入開展質(zhì)量工程建設(shè)，努力實(shí)現(xiàn)“謀教學(xué)質(zhì)量之排頭，創(chuàng)一流大學(xué)之基礎(chǔ)”的奮斗目標(biāo)。學(xué)院開設(shè)的“神經(jīng)生物學(xué)”、“生理學(xué)”2門課程被評(píng)為國(guó)家級(jí)精品課程；“醫(yī)學(xué)細(xì)胞生物學(xué)”被評(píng)為國(guó)家級(jí)雙語教學(xué)示范課程；“人體寄生蟲學(xué)”、“醫(yī)學(xué)免疫學(xué)”、“人體解剖學(xué)”、“細(xì)胞生物學(xué)”、“生物化學(xué)”、“醫(yī)學(xué)機(jī)能學(xué)實(shí)驗(yàn)”6門課程獲評(píng)為北京市級(jí)精品課程；生理學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、神經(jīng)生物學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)獲評(píng)國(guó)家級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)，免疫學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)獲評(píng)為北京市級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)；基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心成為國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心；徐群淵教授獲評(píng)為國(guó)家教學(xué)名師，安云慶、安威、諸欣平、劉慧榮教授獲評(píng)為北京市教學(xué)名師。
基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院采取“整體推進(jìn)、分段建設(shè)、重點(diǎn)提高、突出特色”的學(xué)科建設(shè)方針，針對(duì)不同學(xué)科加以分類指導(dǎo)和分層建設(shè)，努力打造一個(gè)一級(jí)學(xué)科強(qiáng)大、二級(jí)學(xué)科齊全的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。神經(jīng)生物學(xué)學(xué)科被評(píng)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科；人體解剖與組織胚胎學(xué)、生理學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、藥理學(xué)、病理學(xué)等北京市重點(diǎn)學(xué)科；基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院還擁有1個(gè)省部共建國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地，1個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，4個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，1個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局實(shí)驗(yàn)室?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院倡導(dǎo)科研強(qiáng)院之風(fēng)，堅(jiān)持學(xué)術(shù)興院之路，注重整合多學(xué)科資源，走基礎(chǔ)-臨床相結(jié)合的聯(lián)合攻關(guān)之路，發(fā)揮學(xué)校的臨床優(yōu)勢(shì)，不斷提高申報(bào)重大項(xiàng)目（點(diǎn)）的能力，推動(dòng)科學(xué)研究不斷向更高層次邁進(jìn)?！笆濉捌陂g基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院共獲得省部級(jí)及以上項(xiàng)目293項(xiàng)，總資助經(jīng)費(fèi)17595余萬元。包括國(guó)家科技重大專項(xiàng)課題2項(xiàng)，國(guó)家科技支撐計(jì)劃課題2項(xiàng)，“973”課題2項(xiàng)，“863”課題1項(xiàng)，973計(jì)劃前期研究專項(xiàng)2項(xiàng)，科技部國(guó)際合作項(xiàng)目1項(xiàng)，國(guó)家自然科學(xué)基金154項(xiàng)（其中重點(diǎn)項(xiàng)目2項(xiàng)，重大研究計(jì)劃2項(xiàng)，國(guó)際合作與交流項(xiàng)目1項(xiàng)）。發(fā)表SCI學(xué)術(shù)論文566篇，總影響因子1866，其中影響因子5.0以上的有96篇，最高影響因子14.103；獲得省部級(jí)以上科技獎(jiǎng)勵(lì)5項(xiàng)，其中北京市科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)，三等獎(jiǎng)2項(xiàng)，吳階平-保羅?楊森醫(yī)學(xué)藥學(xué)獎(jiǎng)1項(xiàng)，中國(guó)免疫學(xué)會(huì)獎(jiǎng)1項(xiàng)；授權(quán)專利34項(xiàng)，專利轉(zhuǎn)化成果1項(xiàng)?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院十分重視國(guó)內(nèi)外的交流與合作，先后與美國(guó)、英國(guó)、法國(guó)、德國(guó)、日本、奧地利、瑞典、香港等國(guó)家和地區(qū)的大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)開展項(xiàng)目合作、人員交流、聯(lián)合舉辦國(guó)際會(huì)議等；與美國(guó)西北大學(xué)、英國(guó)卡迪夫大學(xué)、紐約州立大學(xué)布法羅分校、奧地利歐亞太平洋學(xué)術(shù)網(wǎng)絡(luò)、瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學(xué)院、香港中文大學(xué)等建立了交流合作關(guān)系。 歲月如梭，征程漫漫，展望未來，任重道遠(yuǎn)?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院全體師生正以飽滿的熱情和只爭(zhēng)朝夕的精神為實(shí)現(xiàn)“高水平研究型醫(yī)科大學(xué)”的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院而努力奮斗。