福建醫科大學公共衛生學院前身為福建醫學院衛生系，始建于1959年，是我國早期開設預防醫學本科專業的少數院系之一。公共衛生學院現有教職工81人，其中專任教師56人，教授、副教授30人，博、碩士生導師30余人，國務院特殊津貼專家2人，福建省高校教學名師2人，教師中博碩士比例占90%以上。公共衛生學院現設有預防醫學系、流行病與衛生統計學系、營養與食品安全學系、衛生檢驗與檢疫學系、衛生管理學系、衛生法學與衛生政策學系等6個學系和實驗中心；設有公共衛生與全科醫學人才培訓中心及福建省食品安全風險研究中心、福建醫科大學環境與健康研究所、衛生政策研究中心等3個省校級研究機構。

公共衛生學院現有預防醫學二級學科博士學位授權點以及公共衛生與預防醫學一級學科和社會醫學與衛生事業管理二級學科碩士學位授權點，擁有公共衛生碩士（MPH）專業學位授權點。擁有“公共衛生與預防醫學”、“公共管理”和“環境因素與腫瘤”、“環境與健康”等8個省級重點學科和重點實驗室。公共衛生學院現設有預防醫學、公共事業管理、食品質量與安全、衛生檢驗與檢疫等4個全日制本科專業。在校生1500余人，其中博、碩士生120余人。

悠久的辦學歷史奠定了公共衛生學院高品質的教學質量和水平，公共衛生學院“預防醫學專業”獲2009年國家級特色專業建設點、2012年福建省專業綜合改革試點專業；“公共衛生與預防醫學實驗教學中心”為2013年國家級實驗教學示范中心；公共衛生學院院同時擁有預防醫學省級人才培養模式創新實驗區、公共衛生與預防醫學省級實驗教學示范中心，衛生毒理學、行政管理學等7門省級精品課程、流行病與衛生統計學等3個省級教學團隊以及預防醫學、公共管理2個省級大學生校外實踐教育基地；有福建省衛計委、省出入境檢驗檢疫局、省市疾控中心、衛生監督所以及學校各附屬醫院、教學醫院等30余個校外專業和臨床教學實習基地。

公共衛生學院科學研究成果喜人，曾先后獲得全國科學大會獎、北京市科技進步一等獎、福建省科技成果二、三等獎30多項。近五年來，公共衛生學院先后承擔國家、省自然科學基金等70多項科研課題，發表科研論文400多篇，其中SCI收錄100余篇，出版專著70余部，獲科研項目經費3000多萬元。公共衛生學院廣泛參與國際或校際學術交流，數十人次留學、出訪歐、美、日等數十個國家和地區，并與日本長崎大學醫學部、臺灣嘉南藥理大學等建立了協作關系，每年選派優秀青年教師、研究生和本科生交流學習。培養各類中高級預防醫學與全科醫學人才5000余人，為海峽西岸公共衛生事業的發展做出了重要貢獻。