東北林業大學于1954年始設林學和林工研究班，標志著研究生教育的開始。1955年設林業經濟研究班。到1957年，共招收研究生80人。研究班均由原蘇聯專家講課，培養兩年制研究生。1958-1960年停止招生。1961年開始恢復招生，到1964年又招收研究生13人。1965-1977年又停止招生。1978年再次恢復招收研究生。1981年被國務院學位委員會批準為首批博士、碩士授予單位。2011年11月成立研究生院。

截止到2015年7月共培養畢業研究生15868人，其中：授予博士學位1731人，學術型碩士學位9720人，全日制專業學位869人，非全日制專業碩士學位3534人，外籍博士3人。東北林業大學現有在學研究生6635人，其中：博士生939人，學術型碩士研究生2512人，全日制專業學位研究生775人，非全日制專業學位研究生2194人。

研究生院現設有9個科室，有管理人員17人，主要負責學位與研究生教育的管理工作。

東北林業大學是中國學位與研究生教育學會農林學科工作委員會副主任委員單位，農林學科工作委員會學科建設組組長單位，東北地區農林院校研究生教育協作組組長單位，全國工程碩士專業學位林業工程領域組長單位，黑龍江省學位與研究生教育學會專業學位專業委員會掛靠單位。