化工學院基于1964年成立的化工系，1998年7月3日由化工與生化工程系、應用化學系和材料物理化學研究所合并成立化工學院，2000年9月8日原化工學院更名為材料科學與工程學院，2008年6月16日由化工與制藥工程系、生物工程與技術系和環境科學與工程系成立新的化工學院。現下設化工與制藥工程系、生物工程與技術系、環境科學與工程系和園藝系。

目前化工學院擁有一個國家一級博士授權點：化學工程與技術（下設生物化工、生物材料化工、化學工程與工藝及環境化工四個博士研究方向；化學工程、化學工藝、生物化工、應用化學、工業催化、制藥工程六個碩士研究方向）；一級學科博士后流動站：化學工程與技術；一個一級碩士授權點：環境科學與工程（下設環境監測與評價、水處理工程、大氣污染控制工程三個研究方向）；二個二級碩士點：生物化學與分子生物學、微生物學；一個國務院僑辦重點學科：生物化工。一個工程碩士領域：化學工程。八個本科專業：化學工程與工藝、制藥工程、生物工程、生物技術、園藝、環境工程、環境科學、環境生態工程。化學工程與技術一級學科是福建省特色重點學科和福建省重點學科，環境工程專業為福建省高等學校服務產業特色專業。

化工學院擁有福建省生物化工技術重點實驗室、化學生物學與分子工程福建省高校重點實驗室、福建省工業廢水生化處理工程技術研究中心、廈門市海洋生物資源綜合利用工程技術研究中心、省級實驗教學示范中心“基礎化學化工實驗中心”以及“新一代物質轉化研究所”等10個校、院級研究機構。

化工學院匯聚了一批學緣結構合理、教學經驗豐富、具有科研潛力的教學科研人員，現有教職工117人，其中專任教師93人，教授23人，副教授26人，博士生導師13人。擁有一批具有較高學術聲譽的領軍人才，其中雙聘院士2人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”1人，福建省“百人計劃”2人，福建省“外專百人計劃”2人，國家高端外國專家1人，廈門市雙百計劃1人。

化工學院面向全國和境外招生，面向境內通過全國高考本科一批或提前批招生，面向境外通過兩校(與暨南大學)聯招、參加教育部的全國聯招或單獨招生。目前全日制在校生約1600人，其中本科生約1400人，碩士生約200人，博士生29人。

化工學院緊密結合國家和海峽西岸經濟區經濟社會發展的重大需求開展創新研究，成果顯著，5年來共承擔了國家自然科學基金海峽聯合重點項目、面上項目，及國家海洋公益性行業科研專項項目等國家級項目39項；高校博士點基金博導項目、福建省重大、重點、自然科學基金等省部級課題70余項；服務地方企事業合作橫向課題50余項；廳級、校級及其它各類科研項目100余項；累計科研經費5000多萬元；發表的論文被SCI、EI收錄200余篇；申請中國發明專利獲授權60余項；獲福建省、廈門市及泉州市科學技術獎近10項。

化工學院的國際交流不僅包括與國（境）外高校合作辦學、互派交換生，邀請專家來訪交流合作，派出教師參加學科主流國際會議、到國外名校訪學進修等，目前化工學院還致力于組建中外聯合實驗室、申報中外合作項目等工作。2013年化工學院與瑞典烏普薩拉大學簽署合作交流協議，開展生物教育合作；泰國農業大學、臺灣聯合大學、中原大學來訪開展教學與科研合作交流。連續兩年邀請美國三院院士哈佛大學David Weitz教授來訪講學并頒發榮譽教授證書，近五年來累計邀請美國科學院、工程院、藝術與科學學院院士、澳大利亞工程院院士、法國國家藥學科學院院士、捷克科學院院士、華盛頓大學波音教授等20余名國（境）外專家來訪講學交流。近五年來派出化工學院骨干教師連續參加美國化學工程師協會（AIChE）年會、國際化工與過程工程大會（CHISA）、美國化學學會（ACS）年會、世界生物材料大會（WBC）等國際主流會議并做口頭報告或邀請報告等20余人次，與美國哈佛大學、麻省理工學院、密西根大學、伊利諾伊大學香檳分校、佐治亞理工學院、MD安德森癌癥中心，加拿大滑鐵盧大學、拉瓦爾大學，瑞典于默奧大學及瑞士農科院等成功建立了良好的國際合作交流關系。

化工學院的辦學定位為扎根廈門，立足福建，同時面向海內外，打造為省內一流，國內外有一定影響力，具有本、碩、博三個層次的人才培養以及博士后研究的教學研究性學院。

在新的發展時期，化工學院將秉承和實踐“科學、民主、拼搏、創新”的理念，勵精圖治，團結奮斗，不斷提高教學、科研、管理水平和人才培養水平，實現“科學建院，民主治院，拼搏興院，創新強院”，為國家的繁榮昌盛做出更大的貢獻。